8.14 python程序框架

上面介绍了如何在python中读写文件，一般python程序都是用来处理文件。下面介绍一下python程序的基本框架。

• 首先，导入程序需要依赖的木块；

• 第二，解析选项参数；

• 第三，读入文件；

• 第四，通过循环判断进行处理；

• 第五，将结果写入文件。

  #1 导入模块
    import argparse
    import gzip
    import pathlib
  
  #2解析参数
  parser = argparse.ArgumentParser(
      prog= 'fastq2fasta.py',
      description= 'This Program is used to translate fastq file to fasta file',
      epilog= 'visit our website for more infomation'
  )
  parser.add_argument('-i', '--input', help='input file', required=True)
  parser.add_argument('-o', '--output', help='output', required=True)
  args = parser.parse_args()
  
  #3 读入文件
  file1 = pathlib.Path(args.input)
  if file1.suffix == '.gz':
      f_object = gzip.open(file1, 'rt')
  else:
      f_object = open(file1, 'rt')
  f_output = open(args.output, 'w')
  
  #4 处理数据
  for line in f_object:
      name = line.strip()[1:]
      id = ">" + str(name)
      line2 = f_object.readline()
      line3 = f_object.readline()
      line4 = f_object.readline()
      # print(id)
      # print(line2.strip())
  #5 结果写入文件
      f_output.write(f"{id}\n")
      f_output.write(line2)
  
  f_object.close()
  f_output.close()