第五章 生物软件

学习生物信息，生物软件和核心以及最重要的部分，本章内容我们来系统的介绍生物软件相关的内容。

• 5.1 生物软件
  • 1 什么是生物软件？
  • 2 生物软件发表文献
  • 3 如何查找生物软件？
  • 4 为什么生物软件不容易安装？
  • 5 生物软件安装的几种方法？
  • 6 如何确定一款优秀生物软件
  • 7普通用户安装软件
  • 8流程类生物软件的问题
• 5.2 编译软件
  • 1 解释语言与编译语言
  • 2 README文件
  • 3 编译软件过程
  • 4安装已编译软件
  • 5自行编译软件
• 5.3 Bioconda
  • 1 bioconda简介
  • 2 bioconda软件安装
• 5.4 利用mamba安装生物软件
• 5.5 利用bioconda管理生物软件
  • 1 bioconda基本命令
  • 2 使用bioconda安装常用软件
  • 3 升级bioconda全部软件
• 5.5 bioconda常见问题
  • 1 搜索不到
  • 2 搜索速度慢
  • 3 安装中断
  • 4 版本冲突
  • 5 权限问题
  • 6 使用管理员安装的软件
• 5.7 虚拟环境
  • 1 虚拟环境
  • 2 创建python2.7环境
  • 3 安装rnaseq分析软件
  • 4 普通用户使用虚拟环境
  • 5 不激活虚拟环境使用
  • 6 删除虚拟环境
  • 7 重置环境
• 5.8 利用bioconda管理R和python环境
  • 1 利用bioconda管理R
  • 2 安装R
  • 3 安装CRAN R包
  • 4 安装Bioconductor R包
  • 5 配置R包搜索库
  • 6 利用bioconda管理python
• 5.9 利用Apptainer安装生物软件
  • 1 apptainer简介
  • 2 为什么选择apptainer？
  • 3 安装apptainer
  • 4 使用apptainer安装软件
• 5.10 命令行计算工具datamash
  • 1 datamash做什么的
  • 2 软件安装
  • 3 使用说明
  • 4 使用案例
  • 6 更多案例