5.5 利用bioconda管理生物软件

1 bioconda基本命令

安装并且配置完bioconda之后，就可以使用bioconda来管理生物软件了。可以经行搜索（search），安装（install），升级（update），卸载（remove）等操作。下面给出bioconda一些常用功能。

表 1 bioconda****常用选项参数

info	显示某个软件信息
help	给出帮助信息
list	查看所有安装的软件
search	查找安装的软件
create	创建一个新的conda环境
install	安装需要的软件
update	对软件进行升级
upgrade	与update相同
remove	卸载已经安装的软件
uninstall	与remove相同
config	配置软件源
clean	移除没用的软件安装包和缓冲
package	低配版软件工具，还在实验中

安装并添加软件源之后就可以使用bioconda进行软件安装了。首先根据软件名进行搜索，如果可以搜索到，就可以使用install进行安装了。

不过由于bioconda目录结构过大，每个软件又有不同的版本，因此搜索速度较慢，最好直接知道软件名，或者通过网页端进行搜索。

图 1 网页端搜索bwa软件结果

下面是bioconda管理软件的一些常用命令，大部分的conda命令可以替换为mamba。

#查看已安装软件  
conda list  

#搜索软件    
conda search bwa    
#安装软件    
conda install -y bwa=0.7.17    
#升级软件  
conda update bwa  
#移除软件  
conda remove bwa 

重新初始化 安装完这个版本bioconda（22.9.0）之后，再次安装软件就会出现命令行被清空的情况。只剩下一个（base），没有名称时间和目录。这个时候需要重新进行初始化。

#conda 初始化
conda init 
#刷新设置
source ~/.bashrc

2 使用bioconda安装常用软件

# 安装基础软件
mamba install -y bwa 
mamba install -y samtools
mamba install -y bcftools
mamba install -y blast 
mamba install -y blat 
mamba install -y mummer 
mamba install -y mafft 
mamba install -y muscle 
mamba install -y lastz
mamba install -y sratools
mamba install -y seqkit
mamba install -y seqtk
mamba install -y bedtools
mamba install -y bedops
mamba install -y gfatools
mamba install -y circos
mamba install -y entrez-direct
mamba install -y emboss

#安装数据质控软件
mamba install -y fastqc multiqc 
mamba install -y trimmomatic
mamba install -y fastp
mamba create -n nanoplot -y nanoplot

#安装基因组拼接相关工具
mamba install -y velvet
mamba install -y flye
mamba install -y miniasm
mamba install -y canu
mamba install -y megahit
mamba install -y spades
mamba install -y quast
mamba install -y racon
mamba install -y miniasm
mamba install -y nanopolish

#安装基因功能分析软件
mamba install -y prodigal
mamba install -y glimmer
mamba install -y augustus
mamba install -y trf

3 升级bioconda全部软件

定期需要升级bioconda软件，如果想一次性升级全部软件，可以使用下面命令。

# 更新基础conda
mamba update -n base -c defaults conda

#更新全部包
mamba update -y --all