3.2 免费又好用的基因功能注释平台

得到基因序列之后,需要将基因序列与已知数据库进行比对,例如nr库,uniprot,GO,kegg等,由于数据库比较大,往往需要较长的比对时间。我们可以使用eggnog-mapper工具进行功能注释,但是需要下载较大的数据库。目前,eggnog官网提供了一个在线工具,只需上传文件,即可进行基因功能注释,非常方便。

eggnog

官方网址:http://eggnog-mapper.embl.de/

输入文件:基因的氨基酸序列文件,最多可以包含10万条序列,基本上满足目前绝大部分物种了。

步奏一:提交序列文件,留下邮箱;

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步奏二:提交任务

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步奏三:等待结果;

我们提交了4228个细菌的基因,18点12分提交,19:22分返回结果,运行速度还是非常快的。

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查看结果

最终结果可以下载为csv或者excel列表文件,直接在Excel中进行查看。

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